C'est le Conseil d'Administation qui est responsable de touts les aspects et de l'AEMQ et en exerce une surveillance générale. On y élus neuf des onzes administrateurs du conseil lors de l'Assemblée générale des membres, qui est le principal organe délibérant, décisionnaire et représentatif de l'AEMQ, les deux autres administrateurs sont nommés au sein du C.A.